Blodstamcellerna från givaren samlas upp i en blodpåse. Patienten får givarens celler på samma sätt som en blodtransfusion – genom en nål i armen. Stamcellerna söker sig automatiskt till skelettets hålrum och börjar bilda ny benmärg där. Detta tar ungefär 2–3 veckor.

För att patienten ska kunna ta emot givarens stamceller har det egna immunförsvaret slagits ut. Inför transplantation har därför patienten oftast fått flera dagars behandling med cellgifter och strålning, både för att slå ut kvarvarande tumörer och underlätta för de nya stamcellerna att växa. Förbehandlingens längd varierar mellan olika sjukdomar. Men gemensamt är att immunförsvaret blir utslaget. Det gör patienten mycket infektionskänslig innan de nya vita blodkroppar har bildats.

Det är också viktigt att cellerna kommer till patienten så snart som möjligt, därför finns det alltid en kurir som väntar på att skörden skall bli färdig. Kuriren tar cellerna från givaren och åker direkt till det sjukhus där patienten finns.